Es gibt einige Gebiete, die freier Software nicht zugänglich sind. Das sind fast immer Bereiche und Branchen (Bau, Agrarwirtschaft, Gastronomie etc.), die spezialisierte, individuelle Software benötigen4.2. Freie Software ist immer - wenn auch nicht von Anfang an geplant - auf ein großes Publikum ausgerichtet. Nur dann kann sich der begleitende, evolutionäre Prozeß voll entfalten.
Ansonsten kann freie Software in nahezu allen Bereichen genutzt werden. Dem akademischen Sektor entwachsen hat sie mittlerweile auch in der Industrie und der Dienstleistungsbranche einen festen Platz gefunden. Im folgenden werden die wichtigsten Einsatzgebiete aufgeführt. Die freien Betriebssysteme Linux und FreeBSD sind in ihrem Einsatz nicht beschränkt und können als Fundament überall genutzt werden, sowohl als Server-System in Unternehmen, als auch auf dem heimischen PC oder gar in Kleincomputern oder Embedded Systems.
Durch ihren modularen Aufbau und ihre zahlreichen Schnittstellen wird freie Software oft kombiniert eingesetzt. Beispielsweise genießt das LAMP-System (Linux, Apache, MySQL, PHP) bei Web-Publishern hohes Ansehen, ebenso wie die Kombination aus Apache, Perl und CGI.
Da die Wurzeln freier Software von Unix abstammen, und Unix in erster Linie ein Betriebssystem für leistungsstarke Server-Rechner in einer Netzwerkumgebung ist, stellen sie das Haupteinsatzgebiet dar. Internet und freie Software sind sich gegenseitig beeinflussende Techniken. Manche bezeichnen freie Software als ,,das Getriebe des Internet``.
Zur Softwareentwicklung gibt es eine reichhaltige Auswahl an freien Programmiersprachen, Compilern, Debuggern und anderen Werkzeugen. Perl ist die beliebteste Sprache, wenn es darum geht, dynamische Inhalte für Web-Seiten zu erzeugen oder Administrationsaufgaben zu bearbeiten. Yahoo und Amazon setzen fast ausschließlich auf Perl in Zusammarbeit mit Apache und Linux oder FreeBSD.
Tcl/Tk und Python werden wegen ihrer Stärken bei der Integration verschiedener Technologien zur plattformunabhängigen Programmierung genutzt.
Für den Privatanwender und den Büroangestellten am PC ist Linux im Zusammenhang mit den intuitiven, grafischen Benutzeroberflächen KDE und GNOME interessant geworden. Beide bieten schon jetzt zahlreiche Anwendungen wie Büro- (KOffice, Staroffice) und Internet-Software (Netscape Communicator), Finanzprogramme, Tools und Utilities, die allerdings nicht allesamt frei sind. Auch der Multimedia-Bereich (Video, Audio) wird zunehmend durch freie Software ergänzt.